一、基本价值取向是对被告人合法权益的保护。修改后刑诉法贯穿了"尊重和保障人权"的理念，明确要求公、检、法机关要将"尊重和保障人权"与"惩罚犯罪"放在同等重要的位置。但是，错判无辜与错放有罪之人的风险是任何刑事司法制度都会面临的。英美法国家所奉行的基本原则是:宁可错放某些有罪的人，也不可错判一个无辜者。正如哈伦大法官所言"给无辜者定罪的错误远比让犯罪者逍遥法外恶劣"。英美法国家强调陪审团对排除合理怀疑准确理解的初衷在于，只要对有罪存在"合理怀疑"就应当判决无罪。由此可见，尽管对排除合理怀疑的含义理解不一，但这些定义的基本价值取向都是一致的——最大限度地保护无辜者不被定罪。 　　

二、要体现无罪推定理念。无罪推定原则是现代法治国家刑事司法通行的一项重要原则。尽管"排除合理怀疑"并没有直接表达出无罪推定，但它隐含了这样的理念:只有所有的合理怀疑已经被排除，被告人才应当被认定有罪。 　　刑诉法第49条明确规定公诉案件被告人有罪的举证责任由检察院承担，这与排除合理怀疑的证明标准在内涵上具有一致性。排除合理怀疑的证明标准要求控方承担证明被告人有罪的责任;而被告方则既不承担证明有罪的责任，更不承担证明无罪的责任，但有权反驳指控、进行辩解或辩护，以增加法官对指控事实的"合理怀疑"，最终达到维护自己权益的目的。从这个意义来说，排除合理怀疑标准的主要目的不仅在于查明案件事实，而且为控辩双方设定权利义务，防止追诉权的滥用，以证明标准的要求保证公民权益得到切实保障。 　　

三、应当与《关于办理死刑案件审查判断证据若干问题的规定》中的"证据确实、充分"的证明标准一致。有论者认为，上述规定中的证据确实充分标准仅仅针对的是死刑案件的认定标准，该标准不具有普适性，死刑案件的证明标准应该高于普通刑事案件。笔者认为，办理其他刑事案件也应当参照这一规定执行。 　　事实上，证明标准是一个法律事实认定问题，对任何犯罪事实的证明其结论都应该是排除合理怀疑，而死刑作为一个刑种属于刑事政策和法律适用问题。因此，那些认为"死刑案件的证明标准必须最高，其他刑事案件的证明标准可低于死刑案件的证明标准"观点将统一的证明标准人为割裂，不利于刑诉法保障人权的立法旨意。 　　

四、要确保怀疑的"合理性"与"合规律性"。所谓合理怀疑，是指一个普通的理性人凭借日常生活经验对被告人的犯罪事实明智而审慎地产生的怀疑。那些主观想象的、不符合一般逻辑和经验常识的怀疑，都是不合理的。因此，"合理性"要求控方公正公平，要求裁判者独立评判，避免审前预断。所谓"合规律性"是要求合理怀疑既不是任意妄想的怀疑、过于敏感的怀疑、臆测的怀疑、故意挑剔、强词夺理的怀疑，也不是基于无凭据的怀疑，以及故意为被告人开脱罪责的怀疑，而是能够说出理由，摆出道理，经得起理性论证的怀疑。因此怀疑应当符合规律性，有理由或根据，也即"合理怀疑必须以事实为根据，……必须要有证据证明"。 　　可见，尽管排除合理怀疑标准强调司法工作者根据自己的主观认知与常识进行裁判，但其对于案件的所有怀疑以及怀疑的排除都必须以法庭出示的证据为基础，而不应当受法庭之外的证据、传闻等影响。 　　

五、判断"合理怀疑"所适用的基本方法为矛盾法则和经验法则。矛盾法则运用到排除合理怀疑的证明标准中是指在刑事诉讼中，联系证据内容的各部分，或一证据结合其他证据，利用事物之间的矛盾排除伪证的法则。 　　

在证据审查判断中，运用矛盾法则要求做到以下方面:第一，要善于发现矛盾。要注意证据的矛盾既可能产生于同一证据之中，也可能产生于此证据与彼证据之间，还可能是证据与案件事实之间。第二，要分析证据间的矛盾是合理的还是非合理的差异，是重大的矛盾还是非重要的差异。合理的差异并不影响主要案件事实的认定，但是这并不意味着对于证据间的差异就不需要查证。此外，对于特别重要的事实，即使是合理差异也要查明差异的原因，并确认差异的两个或两个以上的证据何为真实，只有在排除矛盾和差异的基础上才能认定案件事实。第三，要运用矛盾法则排除证据矛盾或者要求补强证据。矛盾的出现，说明有虚假证据存在。因此，要进一步调查取证，分析研究，排除虚假证据，使矛盾得以解决。这一发现矛盾、分析矛盾、解决矛盾的过程，就是办案人员加深认识，鉴别证据真伪和揭示案件真实的过程。 　　

经验法则是指从生活经验中归纳出来的被广泛认知，并可被运用来查明案件事实的具有高度盖然性的作为判断事物的一般知识、经验、法则和规律。笔者认为，经验法则应具有较高的盖然性，个别结论不应成为经验法则。经验法则反映的是一般情况下事物的性质或事物间关系的一种高度盖然性。但理论上，仍有些学者试图给出一个相对确定的范围，如有人认为法官的高度盖然性应当超过95%的可能性，还有人认为有罪的可能性应在75%到90%之间。这种差异的存在，恰恰表明了排除合理怀疑的证明不具有绝对的确定性。